Pojadę sobie więc będzie emocjonalnie. Temat tegoż wątku kryje się prostym założeniu, według którego Kojima chce nam pokazać iż gracze to idioci.
Po tym jak Kojima wydał MGS 2, wśród fanów powstał podział wywołany rozgoryczeniem jednych, zachwytem drugich. Strona pierwsza zdaje się przeważać do dziś i to do tych użytkowników Kojima puścił oko zabierając się za MGS 3 czyli faktyczne rozprawienie się z niezadowolonymi. W tym calu zastosował odpowiednie metafory, wyrażające jego stosunek do całej sytuacji. Historia The Boss emanuje szczególnymi emocjami, w niej skupiają się wątki zdrady i niezrozumienia. Mówiąc krótko The Boss to cyfrowe odwzorowanie uczuć z jakimi spotkał się Kojima po reakcjach związanych z poprzedniczką - Kojima podejmuje niepopularne decyzję ale zgodnie zamierzonym celem oraz ideą, stąd zostaje zostaje oskarżony o zdradę.
Żeby uspokoić wzburzony tłum, na scenę wprowadzony zostaje Naked Snake. Nie o nim jednak jest gra. Snake pełni rolę pośrednika między wirtualnym środowiskiem a graczem, de facto jest manifestacją grającego. Samo jego imię, John, coś ma nam o nim mówić. Zgodnie z sugestiami Ocelota, imię to jest trywialne, powszechne - wyraża każdego oraz nikogo, to szary numer w tłumie, bez własnego zdania, reprezentuje masę. Imię to jest także parodią imienia Raidena, ale nie on zostaje tu wyśmiany bo Jack tu obecny jest jego zupełnym, negatywnym, przeciwieństwem. Sam Snake nie ma własnego zdania, motywuje się pobudkami podsuniętymi przez innych, przez całą grę wypowiada dwa zdania na krzyż. W końcu jak często robi wyrzuty swojej mentorce że nie nauczyła go wszystkiego? Jest klasycznym popychadłem, w grze to on robi za fizycznego co wyraża jego postura - ciężka i napakowana, to taki stereotypowy mięśniak, który nie ma myśleć lecz być człowiekiem czynu. Najbardziej sugestywny jest wtedy gdy wydziera się podczas strzelania z ciężkiego karabinu. Pokazuje tak na dobrą sprawę jakich bohaterów gracze szukają: tępych, bez głosu, z gołą klatą, żeby mógł przywalić. Czy to oddaje samą naturę graczy?
Symbolem tego co chce pokazać są momenty w których John napotyka Tatyanę. Ilekroć ją widzi na jego twarzy rysuje się głupi wyraz zdziwienia. Dlaczego? Bo jest idiotą i nie jest w stanie rozpoznać w kobiecie swojej towarzyszki i pomocnicy, Evy. Wie to każdy, tylko nie Snake. Za każdym razem gdy ją widzi wydzwania do ekipy wspomagającej, pytając o tożsamość tajemniczej osoby, w gruncie rzeczy pokazując że nie należy do bystrzejszych przedstawicieli swojego gatunku.
Podsumowując. Hideo Kojima daje nam wyczuć swoje rozżalenie, wyładowując je na grających. Snake jest ich metaforą, takim tępakiem który pociąga za spust - paradoksalnie umieszczenie Snake'a w roli głównej jest pozorne. On odgrywa rolę drugo-a może nawet-trzeciorzędną stając się w grze jeno narzędziem popychającym fabułę, bo znaczenie ma tu tylko historia The Boss i jej przeżycia - bezwzględne dążenie do celu, gdy cały świat ją potępia. Gracze dostali to na co czekali, kompensując uczucie braku wywołane dominacją Raidena, zaś Kojima się zemścił.